Johanna von der Deken wurde in Graz geboren, lernte am hiesigen Konservatorium Violine und absolvierte an der Grazer Musikhochschule einen Lehrgang für Chorleitung. Ihre Schauspielausbildung an der Schule des Wiener Volkstheaters schloss sie 1993 mit der Bühnenreifeprüfung erfolgreich ab. Es folgten Engagements am Volkstheater Wien und am Theater der Jugend, sowie zahlreiche Fernsehrollen.
Ihre Gesangsausbildung erhielt Johanna von der Deken am Konservatorium der Stadt Wien, sowie im Privatstudium bei Hilde Rössel-Majdan und anderen. Darüber hinaus besuchte sie Meisterkurse bei Paul Hamburger, Roger Vignoles und Noelle Barker.
Die lyrische Sopranistin gastierte im Rahmen von Opernprojekten an renommierten Adressen wie dem Theater an der Wien, der Wiener Kammeroper, oder der Ruhrtriennale in Bochum. Im Konzertbereich wurde sie zur Zusammenarbeit mit renommierten Ensembles wie Die Reihe (unter Dirigent Friedrich Cerha), Armonico Tributo (Dirigent Lorenz Duftschmid), sowie La Capella Reial de Catalunya (unter Jordi Savall) eingeladen.
Zu den Höhepunkten der jüngeren Vergangenheit gehören die weibliche Titelpartie in Monteverdis „Il Combattimento di Tancredi e Clorinda“ beim Festival Wien Modern, Beat Furrers „Begehren“ im Rahmen von Graz 2003, ein Schubert-/Wolf-Liederabend im Wiener Konzerthaus, die Rolle der Kate Pinkerton in der Festwochenproduktion „Madama Butterfly“ im Theater an der Wien, Buxtehudes „Membra Jesu Nostri“ unter der Leitung von Jordi Savall, sowie die Uraufführung des Oratoriums „Und ich sah“ von Schlee – Projekte, die das außergewöhnlich vielfältige Repertoire der Sopranistin eindrucksvoll illustrieren.